政府為提升國家競爭力，讓企業e化更順暢，並達節能減碳之功效，推行電子發票。但院所在取得紙本電子發票後，是否仍須影印作為會計憑證?若仍須影印，則失去了節能減碳的美意，但如不影印，所取得的紙本電子發票，則有模糊、保存不易之疑慮。

為解決院所以紙本電子發票記帳的疑慮，財政部決定大幅放寬處理方式。紙本電子發票除可作為會計憑證，亦可於財政部電子發票整合服務平台（以下簡稱「發票平台」）查詢發票明細。

若仍有黏貼保存紙本憑證之需求，得以該紙本電子發票作為保存方式，但因紙本電子發票採用熱感紙質，保存有一定期限，發票上資料即會消失，所以在”會計傳票摘要欄註記發票字軌號碼”，以作為日後查詢依據，如因自然衰減或模糊者，因已於發票平台上保存，並無違法之虞，請放心使用紙本電子發票作為會計憑證。